Pektolith bildet sich entweder primär in Nephelin-Syeniten oder hydrothermal in Spalten, Klüften oder Drusen basaltischer Eruptivgesteine. Er tritt häufig in Paragenese mit verschiedenen Zeolithen, Datolith und Prehnit auf. Als eher seltene Mineralbildung kann Pektolith an verschiedenen Fundorten zum Teil zwar reichlich vorhanden sein, insgesamt ist er aber wenig verbreitet. Als bekannt gelten bisher (Stand: 2017) rund 400 Fundorte. Neben seiner Typlokalität Monte Baldo wurde das Mineral in Italien noch an mehreren Orten im Aostatal, Ligurien, Piemont, Trentino-Südtirol und Venetien sowie im Val Malenco in der Provinz Sondrio (Lombardei) und in der Gemeinde Castelnuovo di Val di Cecina (Toskana) gefunden. In Deutschland trat Pektolith unter anderem im Schwarzwald und am Kaiserstuhl in Baden-Württemberg; bei Gladenbach und Steinperf in Hessen; im Sauerland in Nordrhein-Westfalen sowie bei Niederkirchen, Bisterschied und Wolfstein in Rheinland-Pfalz auf. Erwähnenswert aufgrund außergewöhnlicher Pektolithfunde ist unter anderem West Paterson im Passaic County (New Jersey) in den Vereinigten Staaten von Amerika (USA), wo nadelige und kugelförmige Aggregate von bis zu 18 cm Durchmesser zutage traten. Bis zu 5 cm lange, prismatische Kristalle konnten am Mont Saint-Hilaire in der kanadischen Provinz Québec geborgen werden. Weitere Fundorte sind Australien, Brasilien, China, Dänemark, die Dominikanische Republik, Finnland, Frankreich, Griechenland, Grönland, Irland, Japan, Madagaskar, Marokko, Mexiko, Neuseeland, Norwegen, Polen, Russland, Schweden, Südafrika, Tadschikistan, Tschechien, das Vereinigte Königreich (Großbritannien) sowie weitere Orte in den bereits erwähnten Ländern Kanada und USA.