Stephanit bildet sich hydrothermal in geologisch aktiven (rezenten) Störungszonen der Erdkruste. Dort ist es vor allem in Silber-Lagerstätten, begleitet von Akanthit, Galenit, gediegen Silber, Proustit, Pyrit, Sphalerit und Tetraedrit, zu finden. Weltweit sind bisher (Stand: 2012) rund 500 Fundorte für Stephanit bekannt. Neben seiner Typlokalität Freiberg, wo das Mineral in vielen Gruben der Umgebung zutage trat, konnte es in Deutschland unter anderem noch in mehreren Gruben bei Annaberg-Buchholz, Johanngeorgenstadt, Marienberg, Bärenstein und Schneeberg in Sachsen sowie an vielen weiteren Orten in Baden-Württemberg, Bayern, Hessen, Nordrhein-Westfalen und Niedersachsen gefunden werden. In Österreich fand sich Stephanit an einigen Fundorten in Kärnten, Salzburg und der Steiermark und in der Schweiz sind bisher nur wenige Fundorte im Kanton Wallis (Binntal, Lötschental, Martigny) bekannt. Bekannt aufgrund außergewöhnlicher Stephanitfunde mit Kristallen von mehreren Zentimetern Größe sind unter anderem Příbram (deutsch: Pibrans, älter auch Freiberg in Böhmen) und Jáchymov (deutsch Sankt Joachimsthal) in Tschechien sowie die Chispas-Mine bei Arizpe im mexikanischen Bundesstaat Sonora. Weitere Fundorte liegen unter anderem in Argentinien, Australien, Bolivien, Bulgarien, Chile, China, Ecuador, Frankreich, Griechenland, Honduras, Indien, Italien, Japan, Kanada, Kasachstan, Kolumbien, Marokko, Norwegen, Peru, auf den Philippinen, in Polen, Portugal, Rumänien, Russland, Schweden, der Slowakei, Spanien, Tadschikistan, Ungarn, Usbekistan, im Vereinigten Königreich (Großbritannien) und den Vereinigten Staaten von Amerika (USA).