Stellerit bildet sich hydrothermal als Gangfüllung oder in Geoden in basischen Vulkaniten wie Basalt oder Diabastuffen, findet sich aber auch in Granodioriten sowie in metamorphen Gesteinen wie Glimmerschiefer, Skarn oder Gneis. Als Begleitminerale treten unter anderem Analcim und andere Zeolithe sowie Apophyllit, Calcit, gediegen Kupfer, Prehnit, Tridymit und gelegentlich auch Hämatit auf. Als eher seltene Mineralbildung kann Stellerit an verschiedenen Fundorten zum Teil zwar reichlich vorhanden sein, insgesamt ist er aber wenig verbreitet. Weltweit sind bisher rund 200 Fundorte dokumentiert. Außer an seiner Typlokalität, der Kupferinsel Medny im Föderationskreis Ferner Osten, konnte das Mineral in Russland noch im Eisenbergwerk Malyi Kuibas bei Magnitogorsk in der Oblast Tscheljabinsk sowie in der Asbest-Lagerstätte Bazhenovsk mit serpentinierten Ultrabasiten und im Kazennitsa-Gang des Pegmatitfeldes Alabashka bei Yuzhakovo in der Oblast Swerdlowsk im Föderationskreis Ural, in der polymetallischen Lagerstätte bei Klitschka (auch Klichka oder Klicka) und im Pegmatitfeld Malkhan (auch Malchan oder Malechansk) bei Krasnyi Chikoy in der Oblast Tschita (Transbaikalien) im Föderationskreis Sibirien entdeckt werden. Zudem fand es sich im Khyr-Pilyaki-Gebirge nahe Goluboi Zaliv auf der Halbinsel Krim. In Deutschland konnte Stellerit unter anderem im Kusserbruch (Granodiorit mit Pegmatit) bei Stützersdorf in der Gemeinde Tittling, in den Granit-Steinbrüchen Ernst & Kubischek bei Grub (Gemeinde Rinchnach), im Steinbruch Zufurt (Zufuhrt) bei Tröstau sowie in den Steinbrüchen Oberbaumühle (Amphibolit) bei Windischeschenbach und Huber (Serpentin) bei Winklarn in Bayern, im Steinbruch Caspar am Ettringer Bellerberg in der rheinland-pfälzischen Vulkaneifel sowie in mehreren Steinbrüchen in den Gemeinden Demitz-Thumitz und Steinigtwolmsdorf, bei Pließkowitz, in der Grube Gelbe Birke bei Schwarzenberg/Erzgeb., im Thadenbruch bei Königshain und den Lamprophyr-Brüchen bei Oberottendorf in Sachsen gefunden werden. In Österreich trat Stellerit bisher in Kärnten (Brandrücken, Fraßgraben, Magdalensberg, Riekengraben), Niederösterreich (Persenbeug-Gottsdorf, Allentsteig, Kottes-Purk), Salzburg (Kendlbrucker Graben, Lohninger Bruch, Naßfelder Tal), der Steiermark (Humpelgraben, Marhof, Pechgraben, Schöttl-Gladjoch) und Vorarlberg (Gargellental, Gortipohl, Schruns, Verwall) auf. In der Schweiz kennt man das Mineral unter anderem aus den Gneisbrüchen bei Arvigo im Kanton Graubünden, einem Steinbruch im Valle di Vergeletto mit kompaktem Biotit-Gneis im Kanton Tessin sowie aus dem Gebiet Wannigletscher-Scherbadung im Kriegalptal (Chriegalptal), einem Nebental des Binntals, aus Gesteinsproben vom Piece Gletscher nahe Arolla, der Kupfer-Nickel-Erzgrube Mine de Gollyre bei Ayer (Val d’Anniviers) und vom 2598 m hohen Le Catogne nahe Sembrancher im Kanton Wallis. Bekannt aufgrund von außergewöhnlichen Stelleritfunden sind auch zwei ausgedehnte Olivin-Basaltflüsse mit einer Fläche von rund 450 km² nahe Garrawilla im Pottinger County von New South Wales in Australien, wo Kristalle von bis zu 8 cm Größe zutage traten. Weitere Fundorte liegen unter anderem in Brasilien, Kanada, Kasachstan, China, Frankreich, Indien, Island, Italien, Korea, Mexiko, Namibia, Neuseeland, Norwegen, Schweden, Südafrika, Ungarn, im Vereinigten Königreich (Nordirland, Schottland) und in einigen Bundesstaaten der USA.
