吸入結晶二氧化矽對肺有害,導致矽肺病。非晶態二氧化矽被認為毒性低,但長期吸入會導致肺部改變。矽藻土主要是無定形二氧化矽,但含有一些結晶二氧化矽,尤其是鹽水形式。在對工人的一項研究中,暴露於天然DE超過5年的工人沒有明顯的肺部變化,而暴露於煅燒形式的工人中有40%發生了塵肺病。無定形二氧化矽,幾乎不包含或不包含結晶二氧化矽。美國的職業安全與健康管理局(OSHA)對DE的結晶二氧化矽含量進行了規定,美國國家職業安全與健康研究所(National職業安全與健康研究所)的指導原則規定了產品中允許的最大含量(1%)和產品中允許的最大含量。工人呼吸區域附近的空氣,建議在8小時的工作時間內將暴露極限控制在6 mg / m2。 OSHA已將矽藻土的允許暴露極限設定為20 mppcf(80 mg / m /%SiO2)。矽藻土的含量為3000 mg / m 3時,立即威脅生命和健康。在1930年代,人們發現,在方石英DE行業的工人中,長期暴露於數十年高水平的空氣中結晶二氧化矽的工人,其患矽肺病的風險增加。今天,當二氧化矽的濃度超過允許水平時,要求工人採取呼吸保護措施。為池式過濾器生產的矽藻土經過高溫(煅燒)和助熔劑(蘇打灰)處理,使原來無害的無定形二氧化矽呈現其晶體形式。