On trouve la cassitérite comme minéral primaire dans les roches magmatiques acides (granites et pegmatites associés au granites) et surtout dans les filons hydrothermaux de haute et moyenne température qui leur sont parfois liés (veines et greisen) et où elle cristallise. Dans les gîtes de hautes températures, elle est associée au quartz et à l'orthose dans les pegmatites, voire au wolfram et à la molybdénite, à la tourmaline et au topaze. Elle est encore associée à la scheelite et au mispickel dans les filons pneumatolithiques et leurs émanations. Elle est disséminée dans les greisen. Les fluides minéralisateurs sont le plus souvent la fluorine, l'apatite, le topaze et la wolframite. Elle est présente dans certaines coulées de laves rhyolitiques, comme au Durango au Mexique. Elle est nettement plus rare dans les dépôts en zones de métamorphisme de contact. Comme il s'agit d'un minéral résistant et assez dur, lourd et assez dense, il reste souvent au voisinage des roches érodées, il est logique que la cassitérite soit présente dans les sables des placers, sous forme d'étain d'alluvion ; Elle peut être ainsi exploitée dans des gîtes alluvionnaires ou placers sédimentaires fluviaux et marins, comme en Malaisie, en Indonésie ou en Thailande. Ces grands gîtes sont les exploitations actuelles les plus importantes et les plus rentables. Parmi les plus beaux cristaux, de taille de l'ordre de 10 à 15 centimètres, beaucoup sont mis au jour dans les gisements réputés de Horni-Slavkov en République tchèque et au Minas Gerais, province minière du Brésil. En Cornouailles ou dans les Monts métallifères, les beaux cristaux sont souvent associés à l'albite et au spodumène. Les beaux cristaux fins se trouvent au Portugal, en Italie, en France, en Tchéquie, au Brésil et au Myanmar. Il existe des gemmes de cassitérite, par exemple à Villoco en Bolivie. Elle est associée aux minéraux suivants : apatite, fluorite molybdénite, quartz, orthose, albite, muscovite, spodumène, tourmaline, wolframite, topaze, scheelite, lépidolite, arsénopyrite, molybdénite, bismuth natif, étain natif…