Weeksit findet sich als Sekundärmineral in der Oxidationszone von Uran-Lagerstätten. In seiner Typlokalität kommt es in opalhaltigen Adern in Rhyolith und Agglomeraten, sowie in Sand- und Kalksteinen vor. Als Begleitminerale treten unter anderem Opal, Chalcedon, Calcit, Gips, Fluorit, Uraninit, Thorogummit, Uranophan, Boltwoodit, Carnotit und Margaritasit auf. Es sind nur eine geringe Anzahl von Fundorten des Weeksits bekannt, zu ihnen gehören: Flinders Ranges, Australien, Fresach, Österreich, Minas Gerais und São Paulo, Brasilien, Quebrada San Miguel, Chile, Mariánské Lázně, Jáchymov und Nepomuk, Tschechische Republik, Menzenschwand und Dörrmorsbach, Deutschland, Ningyo-toge mine, Japan, Sierra Peña Blanca, Mexiko, Goanikontes, Namibia, Macusani Uranium Deposits (Quenamari Meseta), Peru, Crucea, Rumänien und in den Bundesstaaten Arizona, Kalifornien, Nevada, New Mexico, Pennsylvania, Texas, Utah und Wyoming in den USA.