Siegenit bildet sich als akzessorischer Bestandteil in intramagmatischen Sulfid-Lagerstätten. Er kann aber auch hydrothermal entweder in Siderit-Lagerstätten oder untergeordnet in Blei-Zink-Erzen sowie durch Verdrängung älterer Kobalt-Nickel-Sulfiden entstehen. Als Begleitminerale können Cu-Ni-Fe-Sulfide wie unter anderem Chalkopyrit, Gersdorffit, Millerit, Pyrit, Pyrrhotin und Ullmannit sowie allgemein Sulfide wie Galenit und Sphalerit auftreten. Durch Verwitterung von Siegenit entsteht sogenannter „Gelber Erdkobalt“, ein Gemenge aus Erythrin und Pitticit. Als eher seltene Mineralbildung kann Siegenit an verschiedenen Fundorten zum Teil zwar reichlich vorhanden sein, insgesamt ist er aber wenig verbreitet. Weltweit sind bisher rund 265 Fundstellen dokumentiert (Stand 2020). Außer seiner Typlokalität, den Gruben Jungfer oder Stahlberg bei Müsen (Siegen), konnte Siegenit im Kreis Siegen-Wittgenstein bzw. Siegerland (NRW) noch in vielen Fundstätten wie beispielsweise der Peterszeche und Eisenzecher Zug (auch „Eisenzeche“) sowie den Gruben Altenberg, Heinrichssegen und Victoria, Ludwigseck, Pfannenberger Einigkeit, Brüderbund, Landeskrone und Bautenberg gefunden werden. Daneben fand sich Siegenit in Nordrhein-Westfalen unter anderem noch in der ehemaligen Zeche Zollverein und der Grube Vereinigtes Glückauf sowie mehreren Gruben im Rheinisch-Bergischen Kreis. Des Weiteren trat das Mineral in Deutschland noch in der Grube Clara bei Oberwolfach in Baden-Württemberg, der Grube Neue Weintraube im Magdgrabtal nahe Braunlage in Niedersachsen, in mehreren Gruben im Kreis Altenkirchen und der Grube Saarsegen im Landkreis Ahrweiler in Rheinland-Pfalz, der Grube Warndt im Saarland sowie an kleineren Fundpunkten im Erzgebirgskreis und im Landkreis Bautzen in Sachsen auf. In Österreich fand sich Siegenit bisher an der Kluidscharte im Zirknitztal in Kärnten und an der Nord- und Südflanke des Brennkogel zwischen Kärnten und Salzburg, in mehreren Stollen im Bergbaurevier Schwarzleo bei Leogang in Salzburg, am Kaskogel in der Gemeinde Veitsch in der Steiermark, im Gertraudstollen am Großkogel nahe St. Gertraudi in Tirol und auf der Vilifau Alp im Rellstal in Vorarlberg. In der Schweiz konnte das Mineral bisher nur auf der Mürtschenalp im Kanton Glarus, auf der Alp Taspin (Taspegn) (auch Alp Taspegn oder Taspegn Alp) im Kanton Graubünden und in der „Mine de Tignousa Inférieur“ (auch Tignausa) im Kanton Wallis gefunden werden. Weitere Fundorte liegen unter anderem in Australien, Belgien, Brasilien, Bulgarien, China, Finnland, Frankreich, Griechenland, Grönland, Indien, Irland, Italien, Japan, Kanada, Kasachstan, der Demokratischen Republik Kongo, Korea, Namibia, den Niederlanden, Norwegen, Polen, Portugal, Rumänien, Russland, Sambia, Schweden, der Slowakei, Spanien, Südafrika, im Tschad, Tschechien, Uganda, Uzbekistan, im Vereinigten Königreich und den Vereinigten Staaten von Amerika.