Obwohl Selen ein essentielles Spurenelement ist, ist es bei übermäßiger Einnahme toxisch. Das Überschreiten des tolerierbaren oberen Aufnahmewerts von 400 Mikrogramm pro Tag kann zu Selenose führen. Dieser tolerierbare obere Aufnahmewert von 400 µg basiert hauptsächlich auf einer 1986 durchgeführten Studie mit fünf chinesischen Patienten, die offensichtliche Anzeichen von Selenose aufwiesen, und einer Folgestudie an denselben fünf Personen im Jahr 1992. Die Studie von 1992 ergab tatsächlich die maximale sichere Aufnahme von Se über die Nahrung ungefähr 800 Mikrogramm pro Tag (15 Mikrogramm pro Kilogramm Körpergewicht), aber 400 Mikrogramm pro Tag empfohlen, um ein Ungleichgewicht der Nährstoffe in der Ernährung zu vermeiden und mit Daten aus anderen Ländern übereinzustimmen. In China haben Menschen, die Mais aus extrem selenreicher Steinkohle (kohlenstoffhaltiger Schiefer) aufgenommen haben, unter Selentoxizität gelitten. Es wurde gezeigt, dass diese Kohle einen Selengehalt von bis zu 9,1% aufweist, die höchste Konzentration in Kohle, die jemals gemessen wurde. Anzeichen und Symptome einer Selenose sind ein Knoblauchgeruch im Atem, Magen-Darm-Störungen, Haarausfall, Ablösen der Nägel, Müdigkeit, Reizbarkeit und neurologische Schäden. Extreme Fälle von Selenose können Leberzirrhose, Lungenödem oder Tod aufweisen. Elementares Selen und die meisten metallischen Selenide weisen aufgrund der geringen Bioverfügbarkeit relativ geringe Toxizitäten auf. Im Gegensatz dazu haben Selenate und Selenite eine ähnliche oxidative Wirkungsweise wie Arsentrioxid und sind sehr toxisch. Die chronisch toxische Selenitdosis für den Menschen beträgt etwa 2400 bis 3000 Mikrogramm Selen pro Tag. Selenwasserstoff ist ein extrem giftiges, ätzendes Gas. Selen kommt auch in organischen Verbindungen wie Dimethylselenid, Selenomethionin, Selenocystein und Methylselenocystein vor, die alle eine hohe Bioverfügbarkeit aufweisen und in hohen Dosen toxisch sind. Am 19. April 2009 starben 21 Poloponys kurz vor einem Spiel bei den United States Polo Open. Drei Tage später veröffentlichte eine Apotheke eine Erklärung, in der erklärt wurde, dass die Pferde eine falsche Dosis eines der Inhaltsstoffe erhalten hatten, die in einer Vitamin / Mineralstoff-Ergänzungsverbindung verwendet wurden, die von einer Compoundier-Apotheke falsch hergestellt worden war. Die Analyse der Blutspiegel anorganischer Verbindungen in der Ergänzung ergab, dass die Selenkonzentrationen in den Blutproben 10 bis 15 Mal höher als normal und in den Leberproben 15 bis 20 Mal höher als normal waren. Später wurde bestätigt, dass Selen der toxische Faktor ist. Eine Selenvergiftung von Wassersystemen kann immer dann auftreten, wenn neue landwirtschaftliche Abflüsse durch normalerweise trockenes, unbebautes Land verlaufen. Durch diesen Prozess werden natürliche lösliche Selenverbindungen (wie Selenate) in das Wasser ausgelaugt, die dann beim Verdampfen des Wassers in neuen "Feuchtgebieten" konzentriert werden können. Die Selenverschmutzung von Wasserstraßen tritt auch auf, wenn Selen aus Kohlenstaubasche, Bergbau und Metallschmelze, Rohölverarbeitung und Deponie ausgelaugt wird. Es wurde festgestellt, dass die daraus resultierenden hohen Selenwerte in Wasserstraßen angeborene Störungen bei oviparen Arten, einschließlich Feuchtvögeln und Fischen, verursachen. Erhöhte Methylquecksilberwerte in der Nahrung können den Schaden der Selentoxizität bei oviparen Arten verstärken. In Fischen und anderen Wildtieren ist Selen lebensnotwendig, in hohen Dosen jedoch giftig. Für Lachs beträgt die optimale Selenkonzentration etwa 1 Mikrogramm Selen pro Gramm des gesamten Körpergewichts. Weit unter diesem Niveau sterben junge Lachse an Mangel; viel darüber sterben sie an toxischem Überschuss. Die Arbeitsschutzbehörde (OSHA) hat die gesetzliche Grenze (zulässige Expositionsgrenze) für Selen am Arbeitsplatz auf 0,2 mg / m über einen 8-Stunden-Arbeitstag festgelegt. Das Nationale Institut für Sicherheit und Gesundheitsschutz am Arbeitsplatz (NIOSH) hat eine empfohlene Expositionsgrenze (REL) von 0,2 mg / m über einen 8-Stunden-Arbeitstag festgelegt. Bei Konzentrationen von 1 mg / m ist Selen sofort lebens- und gesundheitsschädlich.