Samarskit-(Y) bildet sich als seltener, akzessorischer Bestandteil in Granit-Pegmatit-Gängen mit hohem Anteil an Metallen der Seltenen Erden. Dort tritt er in Paragenese unter anderem mit Albit, Äschynit, Beryll, Biotit, Columbit, Granat, Magnetit, Monazit, Muskovit, Topas, Turmalin, Uraninit und Zirkon sowie Erzmineralen wie Kassiterit und Tantalit-(Mn) auf. Am Ort der Erstentdeckung, Bljumowskaja kop' im südlichen Illmengebirge (bei Miass), wurde der Samarskit in Verwachsungen mit Columbit gefunden. Das Illmengebirge ist ein Teil vom Südural und befindet sich etwa 200 km südlich von Jekaterinburg. Die Bljumowskaja Grube (Bljumowskaja kop') entstand 1835 und ist als reichhaltige Mineralienfundstelle im Südural bekannt. Hier wurden 1911 durch die Radiumexpedition von Mitarbeitern Wernadskijs etwa 15 Kilogramm Samarskit geborgen und zur Untersuchung an Marie Skłodowska-Curie weitergegeben. Als eher seltene Mineralbildung kann Samarskit-(Y) an verschiedenen Fundorten zum Teil zwar reichlich vorhanden sein, insgesamt ist er aber wenig verbreitet. Weltweit gelten bisher (Stand: 2012) rund 350 Fundorte als bekannt. Neben seiner Typlokalität Grube „Blyumovskaya“ konnte das Mineral noch an anderen Stellen am Berg Ilmen und am nahen Fluss Miass im Ural sowie an zwei Fundpunkten in der ostsibirischen Republik Burjatien gefunden werden. In Deutschland fand sich Samarskit-(Y) unter anderem bei Matzersdorf und Stützersdorf in der Gemeinde Tittling und bei Hadendorf in der Gemeinde Waidhaus in Bayern sowie an mehreren Orten in der Eifel nahe Niedermendig und am Krufter Ofen. In Österreich trat das Mineral bisher nur in der Scheelit-Lagerstätte im Felbertal (Hohe Tauern) in Salzburg und bei Mitterreit/Aigen im Mühlkreis in Oberösterreich auf. Ein weiterer Fundort, Meitschenhof in der Gemeinde Pregarten, ist bisher nicht bestätigt. Der bisher einzige bekannte Fundort für Samarskit-(Y) in der Schweiz ist ein verlassener Granophyr-Steinbruch nahe der Kapelle della Madonna in der Tessiner Gemeinde Carona TI. Weitere Fundorte liegen unter anderem in Australien, Brasilien, China, Finnland, Frankreich, Guyana, Indien, Italien, Japan, Kanada, Madagaskar, Mosambik, Norwegen, Polen, Rumänien, Sambia, Saudi-Arabien, Schweden, Slowakei, Südafrika, Tschechien, Ukraine und in mehreren Bundesstaaten der USA.