Skutterudit bildet sich in mittel- bis hochgradigen Hydrothermal-Adern, wo er mit meist mit anderen Nickel-Cobalt-Sulfiden wie beispielsweise Nickelin, Cobaltit und Arsenopyrit, aber auch mit gediegen Bismut und Silber, Baryt, Calcit, Quarz und/oder Siderit vergesellschaftet anzutreffen ist. Als eher seltene Mineralbildung kann Skutterudit an verschiedenen Fundorten zum Teil reichlich vorhanden sein, insgesamt ist er aber wenig verbreitet. Als bekannt gelten bisher (Stand: 2011) etwas mehr als 400 Fundorte. Neben seiner Typlokalität Skutterud trat das Mineral in Norwegen bisher noch in der „Lerestvedt Mine“ bei Øyestad in der Kommune Arendal und im Silberbergbaugebiet um Kongsberg auf. In Deutschland fand sich Skutterudit bisher vor allem im Schwarzwald in Baden-Württemberg und im Erzgebirge in Sachsen, aber auch an mehreren Stellen im Frankenland und bei Wölsendorf in Bayern, in mehreren Gruben im Odenwald und im Richelsdorfer Gebirge in Hessen, an vielen Stellen im Harz von Niedersachsen bis Sachsen-Anhalt, im Bergischen Land und Siegerland in Nordrhein-Westfalen, an mehreren Fundstätten bei Imsbach, am Landsberg bei Obermoschel, Rockenhausen und Bürdenbach in Rheinland-Pfalz und in Thüringen bei Bad Lobenstein, Ronneburg und Kamsdorf. In Österreich wurde das Mineral bisher am Hüttenberger Erzberg in Kärnten, der Zinkwand im Tal des Obertalbachs (Schladminger Tauern) in der Steiermark und an mehreren Orten in Salzburg gefunden. An Schweizer Fundorten sind bisher nur Böttstein im Kanton Aargau sowie verschiedene Gruben im Ayertal und der Gemeinde Turtmann im Kanton Wallis bekannt. Weitere Fundorte liegen unter anderem in Afghanistan, Argentinien, Australien, Bolivien, Chile, China, Frankreich, Grönland, Irland, Italien, Japan, Kanada, Madagaskar, Marokko, Mexiko, Polen, Portugal, Russland, Schweden, Slowakei, Spanien, Südafrika, Südkorea, Tschechien, im Vereinigten Königreich (Großbritannien) und den Vereinigten Staaten (USA).