Lepidokrokit bildet sich als typisches Sekundärmineral durch Verwitterung bzw. Oxidation anderer eisenhaltiger Minerale in oberen Bodenschichten (z. B. als Niederschlag aus dem Grundwasser) ebenso wie in mineralischen Lagerstätten oder in marinen Manganknollen. Zusammen mit Goethit bildet Lepidokrokit den Hauptgemengteil von Limonit (Brauneisenstein). In Erzlagerstätten findet er sich auch auf traubigem Goethit aufgewachsen oder mit Pyrit vergesellschaftet. Als eher seltene Mineralbildung kann Lepidokrokit an verschiedenen Fundorten zum Teil zwar reichlich vorhanden sein, insgesamt ist er aber wenig verbreitet. Weltweit sind bisher rund 400 Fundorte (Stand: 2010) bekannt. In Deutschland findet sich das Mineral neben seiner Typlokalität im Siegerland noch im Schwarzwald, Odenwald, Fichtelgebirge, Oberpfälzer Wald, Spessart, Taunus, im Harz, Sauerland, der Eifel, im Hunsrück und im Erzgebirge. In Österreich wurde Lepidokrokit vor allem in den Regionen Kärnten, Salzburg, Steiermark und Tirol gefunden. In der Schweiz trat das Mineral vor allem in den Kantonen Bern, Schaffhausen, Wallis und Zürich auf. Weitere Fundorte sind Ägypten, Australien, Belgien, Bolivien, Brasilien, Bulgarien, China, Frankreich, Griechenland, Grönland, Indien, Iran, Iran, Israel, Italien, Japan, Kanada, Kasachstan, Kroatien, Madagaskar, Mexiko, Namibia, Niederlande, Neuseeland, Norwegen, Polen, Portugal, Rumänien, Schweiz, Slowakei, Slowenien, Spanien, Südafrika, Tschechien, Türkei, Ukraine, Ungarn, Usbekistan, die US-Virgin Islands, das Vereinigte Königreich und die Vereinigten Staaten von Amerika (USA). Auch in Gesteinsproben des mittelatlantischen Rückens wurde Lepidokrokit gefunden.
