Gonnardit bildet sich hydrothermal in Hohlräumen von Vulkaniten wie beispielsweise Basalt, Tephrit oder verwittertem Skarn, wo er meist mit anderen Zeolithen, aber auch Calcit vergesellschaftet auftritt. Als eher seltene Mineralbildung kann Gonnardit an verschiedenen Fundorten zum Teil zwar reichlich vorhanden sein, insgesamt ist er aber wenig verbreitet. Insgesamt gelten bisher (Stand 2016) rund 170 Fundorte als bekannt. Seine Typlokalität La Chaux de Bergonne ist dabei der bisher einzige bekannte Fundort in Frankreich, allerdings konnte das Mineral noch auf der zum französischen Hoheitsgebiet gehörenden Insel Réunion, genauer am Vulkan Piton des Neiges, sowie in basaltischen Gesteinsproben von der zum französischen Süd- und Antarktisterritorium gehörenden Insel Grande Terre nachgewiesen werden. In Deutschland fand man das Mineral unter anderem am Wartberg bei Selb in Bayern; in den Steinbrüchen „Roßberg“ nahe Roßdorf (bei Darmstadt), „Hochberg“ bei Nieder-Ofleiden und „Gaulsberg“ bei Ortenberg in Hessen; im Steinbruch „Bramburg“ bei Adelebsen in Niedersachsen; im Steinbruch Weilberg nahe Königswinter in Nordrhein-Westfalen; am Arensberg nahe Zilsdorf und am Schellkopf nahe Brenk in der rheinland-pfälzischen Eifel sowie in einem Phonolith-Steinbruch am Maar von Hammerunterwiesenthal in Sachsen. In Österreich konnte Gonnardit bisher nur in einem unbenannten Basalt-Steinbruch bei Klöch und im Steinbruch „Steinberg“ nahe Mühldorf bei Feldbach in der Steiermark entdeckt werden und in der Schweiz kennt man das Mineral bisher nur vom Fornogletscher und vom Piz dei Rossi im Kanton Graubünden. Weitere Fundorte liegen unter anderem in Argentinien, Australien, Belgien, Bolivien, Brasilien, Bulgarien, Costa Rica, Kanada, Frankreich, Grönland, Indien, Italien, Japan, Kenia, Lesotho, Neuseeland, Norwegen, Polen, Portugal, Tschechien, Grönland, Rumänien, Russland, auf den Salomonen, in Spanien, der Türkei, Ungarn, dem Vereinigten Königreich (UK) und den Vereinigten Staaten von Amerika (USA).
