Fayalit bildet sich in ultramafischen Vulkaniten und Plutoniten. Dort tritt er in Paragenese mit einer ganzen Reihe von Mineralen wie unter anderem mit Almandin, verschiedenen Mineralen der Amphibolgruppe, Apatit, Arfvedsonit, Augit, Grunerit, Hedenbergit, Ilmenit, Magnetit, Mikroklin, Plagioklas, Sanidin und Spinell auf. Anders als magnesiumreiche Olivine kann Fayalit auch zusammen mit Quarz oder Tridymit auftreten. Erst bei hohen Drucken über 10 kBar wird die Paragenese Fayalit + Quarz durch Ferrosilit ersetzt. Als eher seltene Mineralbildung kann Fayalit an verschiedenen Fundorten zum Teil reichlich vorhanden sein, insgesamt ist er aber wenig verbreitet. Bisher (Stand 2014) sind rund 300 Fundorte für Fayalit bekannt. Neben seiner Typlokalität Ilha do Faial wurde Fayalit in Portugal noch auf Pico sowie am Água de Pau auf São Miguel gefunden. Weitere Fundorte sind Ägypten, Algerien, Antarktis, Äthiopien, Australien, Brasilien, Chile, China, Deutschland, Eritrea, Finnland, Frankreich, Französisch-Polynesien, Grönland, Indien, Indonesien, Irland, Israel, Italien, Japan, Kamerun, Kanada, Madagaskar, Marokko, Mexiko, Mongolei, Myanmar, Namibia, Neuseeland, Niederlande, Nigeria, Norwegen, Oman, Österreich, Rumänien, Russland, Saudi-Arabien, Schweden, Schweiz, Slowakei, Spanien, St. Lucia, Südafrika, Tadschikistan, Tschechien, Ukraine, Ungarn, Vereinigtes Königreich (Großbritannien) und die Vereinigten Staaten (USA). Auch in Gesteinsproben, die von den Apollo 11- und Apollo 14-Missionen vom Mond mitgebracht wurden, konnte Fayalit nachgewiesen werden. Zudem entsteht Fayalit synthetisch bei der Kristallisation eisenreicher Schlacke bei der Verhüttung von Eisenerzen.