Allophan entsteht vor allem hydrothermal in Spalten von Sedimentgesteinen. Bei der Bodenbildung entsteht es insbesondere durch die chemische Verwitterung von vulkanischen Gläsern und bildet dann sogenannte Lockerbraunerden. Ebenfalls zu finden ist Allophan in Kohle- und Erzlagerstätten. Begleitminerale sind unter anderem Chrysokoll, Cristobalit, Gibbsit, Imogolith, Limonit, Quarz und Vermiculit. Insgesamt konnte Allophan bisher (Stand: 2011) an rund 370 Fundorten nachgewiesen werden. Neben seiner Typlokalität Gräfenthal wurde das Mineral in Deutschland noch an mehreren Orten im Schwarzwald in Baden-Württemberg; bei Pechbrunn und Kropfmühl in Bayern; Goldhausen und Kirschhausen in Hessen; an mehreren Orten im Harz von Niedersachsen bis Sachsen-Anhalt; bei Untermaubach, Wülfrath und an mehreren Orten des Sauerlands und des Siegerlandes in Nordrhein-Westfalen; bei Antweiler in Rheinland-Pfalz; bei Chemnitz-Markersdorf und Mechelgrün sowie an mehreren Orten im Erzgebirge in Sachsen und bei Gera, Garnsdorf (Saalfeld/Saale), am Bergmannskopf bei Gräfenroda, bei Brotterode-Trusetal und Weckersdorf in Thüringen gefunden werden. In Österreich trat Allophan unter anderem am Pauliberg im Burgenland; bei Leoben in der Steiermark, und bei Freistadt in Oberösterreich sowie an mehreren Orten der Regionen Kärnten, Salzburg und Tirol. In der Schweiz fand sich das Mineral am Cavloc-See im Fornotal (Tal des Fornogletschers) im Kanton Graubünden sowie bei Ayer (Val d’Anniviers), Saint-Luc VS und Siders (Granges) im Kanton Wallis. Weitere Fundorte sind Argentinien, Australien, Moldau, Belgien, Bolivien, China, Ecuador, Frankreich, Griechenland, Irland, Israel, Italien, Japan, Kasachstan, Kirgisistan, Kanada, Kolumbien, die Demokratische Republik Kongo, Mexiko, Neuseeland, die Niederlande, Norwegen, Polen, Rumänien, Russland, Sambia, Serbien, Simbabwe, die Slowakei, Spanien, Südafrika, Taiwan, Tschechien, Turkmenistan, Ukraine, Ungarn, im Vereinigten Königreich (Großbritannien) und in den Vereinigten Staaten von Amerika (USA). Auch in Gesteinsproben vom Ostpazifischen Rücken konnte Allophan nachgewiesen werden.
