Современные строматолиты в основном встречаются в гиперсоленых озерах и морских лагунах, где экстремальные условия из-за высокого уровня солености препятствуют выпасу животных. Одним из таких мест, где можно увидеть превосходные современные образцы, является морской заповедник Хамелин-Пул в Шарк-Бей в Западной Австралии. Еще одно место - национальный заповедник Пампа-дель-Тамаругал в Чили. Третий - Лагоа Салгада («Соленое озеро») в штате Риу-Гранди-ду-Норти, Бразилия, где современные строматолиты можно наблюдать как в виде биогермов (купольного типа), так и слоев. Внутренние строматолиты также можно найти в соленых водах Cuatro Ciénegas, уникальной экосистемы в мексиканской пустыне, и в озере Альчичика, озере Маар в Восточном бассейне Мексики. Единственная открытая морская среда, где, как известно, процветают современные строматолиты, - это Эксума-Кейс на Багамах. В 2010 году доктор Мин Чен обнаружил пятый тип хлорофилла, а именно хлорофилл f, из строматолитов в заливе Шарк. Лагуна Бакалар на юге Мексиканского полуострова Юкатан в штате Кинтана-Роо имеет обширное образование живых гигантских микробиалитов (то есть строматолитов или тромболитов). Слой микробиалита имеет длину более 10 км (6,2 мили) с вертикальным подъемом на несколько метров в некоторых областях. Это могут быть самые крупные живые пресноводные микробиалиты или любой другой организм на Земле. Кратерное озеро Альчичика в Пуэбла, Мексика, имеет два различных морфологических поколения строматолитов: столбчато-купольные структуры, богатые арагонитом, образующиеся у береговой линии, датируемые 1100 лн, и тромболитические структуры, похожие на губчатую цветную капусту, которые доминируют над озером сверху вниз. дно, в основном состоящее из гидромагнезита, хунтита, кальцита, датируется 2800 лн. Немного дальше на юг в заливе Четумаль в Белизе, к югу от устья реки Рио-Хондо и мексиканской границы, находится 1,5-километровый участок рифообразующих строматолитов (в основном из рода Scytonema). Пресноводные строматолиты обнаружены в озере Салда на юге Турции. Воды богаты магнием, а структуры строматолита состоят из гидромагнезита. Два экземпляра пресноводных строматолитов также обнаружены в Канаде, в озерах Павилион и Келли в Британской Колумбии. На озере Павилион находятся крупнейшие из известных пресноводных строматолитов, и НАСА в настоящее время проводит там ксенобиологические исследования. НАСА, Канадское космическое агентство и множество других университетов со всего мира сотрудничают в проекте по изучению микробиалитовой жизни в озерах. Его цель, получившая название «Проект исследования озера Павильон» (PLRP), - изучить, в каких условиях на дне озер с наибольшей вероятностью будет жить жизнь, и разработать лучшую гипотезу о том, как факторы окружающей среды влияют на жизнь микробиалита. Конечная цель проекта - лучше понять, в каких условиях может быть жизнь на других планетах. В сети есть гражданский научный проект «КАРТА», где каждый может помочь отсортировать тысячи фотографий дна озер и пометить микробиалиты, водоросли и другие особенности дна озера. Микробиалиты были обнаружены в открытом пруду заброшенной асбестовой шахты недалеко от Клинтон-Крик, Юкон, Канада. Эти микробиалиты чрезвычайно молоды и, предположительно, начали формироваться вскоре после закрытия рудника в 1978 году. Сочетание низкой скорости осаждения, высокой скорости кальцификации и низкой скорости роста микробов, по-видимому, приводит к образованию этих микробиалитов. Микробиалиты на исторической шахте демонстрируют, что антропогенно созданная среда может способствовать образованию микробных карбонатов. Это имеет значение для создания искусственной среды для создания современных микробиалитов, включая строматолиты. Очень редкий тип строматолита, не обитающего в озерах, обитает в пещере Крапивы в пещерах Дженолан, Новый Южный Уэльс, Австралия. Цианобактерии живут на поверхности известняка и поддерживаются богатой кальцием капающей водой, которая позволяет им расти к двум открытым концам пещеры, обеспечивающим свет. Строматолиты, состоящие из кальцита, были обнаружены как в Голубом озере в спящем вулкане, на горе Гамбье, так и по крайней мере в восьми озерах сенотов, включая Маленькое Голубое озеро в нижней части юго-востока Южной Австралии.
