Os estromatólitos modernos são encontrados principalmente em lagos hipersalinos e lagoas marinhas, onde as condições extremas devido aos altos níveis salinos impedem o pastoreio dos animais. Um desses locais onde excelentes espécimes modernos podem ser observados é a Hamelin Pool Marine Nature Reserve, Shark Bay, na Austrália Ocidental. Outro local é a Reserva Nacional Pampa del Tamarugal, no Chile. Um terceiro é a Lagoa Salgada ("Lago Salgado"), no estado do Rio Grande do Norte, Brasil, onde os estromatólitos modernos podem ser observados tanto como biohermos (tipo domal) e leitos. Os estromatólitos interiores também podem ser encontrados em águas salinas em Cuatro Ciénegas, um ecossistema único no deserto mexicano, e no Lago Alchichica, um lago maar na Bacia Oriental do México. O único ambiente marinho aberto onde os estromatólitos modernos prosperam são os Exuma Cays nas Bahamas. Em 2010, um quinto tipo de clorofila, ou seja, clorofila f, foi descoberto pelo Dr. Min Chen em estromatólitos na Baía dos Tubarões. Laguna Bacalar no sul da Península de Yucatán no México, no estado de Quintana Roo, tem uma extensa formação de microbialitos gigantes vivos (isto é, estromatólitos ou trombólitos). O leito de microbialita tem mais de 10 km (6,2 mi) de comprimento com uma elevação vertical de vários metros em algumas áreas. Estes podem ser os microbialitos vivos de água doce de maior tamanho, ou qualquer organismo, na Terra. O lago da cratera Alchichica em Puebla, México, tem duas gerações morfológicas distintas de estromatólitos: estruturas semelhantes a cúpula colunar, ricas em aragonita, formando-se perto da linha da costa, datado de 1100 ybp e estruturas trombolíticas semelhantes a couve-flor esponjosa que dominam o lago de cima para inferior, composto principalmente de Hidromagnesita, Huntita, Calcita e datado de 2800 ybp. Um pouco mais ao sul, um trecho de 1,5 km de estromatólitos formadores de recifes (principalmente do gênero Scytonema) ocorre na baía de Chetumal em Belize, logo ao sul da foz do Rio Hondo e da fronteira mexicana. Estromatólitos de água doce são encontrados no Lago Salda, no sul da Turquia. As águas são ricas em magnésio e as estruturas dos estromatólitos são de hidromagnesita. Dois exemplos de estromatólitos de água doce também são encontrados no Canadá, no Lago Pavilion e no Lago Kelly na Colúmbia Britânica. Pavilion Lake tem os maiores estromatólitos de água doce conhecidos e a NASA está atualmente conduzindo pesquisas de xenobiologia lá. A NASA, a Agência Espacial Canadense e várias outras universidades de todo o mundo estão colaborando em um projeto para estudar a vida microbialita nos lagos. Chamado de "Projeto de Pesquisa do Lago Pavilion" (PLRP), seu objetivo é estudar quais condições no fundo dos lagos têm maior probabilidade de abrigar vida e desenvolver uma hipótese melhor sobre como os fatores ambientais afetam a vida microbialita. O objetivo final do projeto é entender melhor quais condições provavelmente abrigariam vida em outros planetas. Existe um projeto de ciência cidadã online chamado "MAPPER", onde qualquer pessoa pode ajudar a classificar milhares de fotos do fundo do lago e marcar microbialitas, algas e outras características do leito do lago. Microbialitas foram descobertas em uma lagoa a céu aberto em uma mina de amianto abandonada perto de Clinton Creek, Yukon, Canadá. Esses microbialitos são extremamente jovens e presumivelmente começaram a se formar logo após o fechamento da mina em 1978. A combinação de uma baixa taxa de sedimentação, alta taxa de calcificação e baixa taxa de crescimento microbiano parece resultar na formação desses microbialitos. Microbialitas em uma mina histórica demonstra que um ambiente construído antropogenicamente pode promover a formação de carbonato microbiano. Isso tem implicações na criação de ambientes artificiais para a construção de microbialitos modernos, incluindo estromatólitos. Um tipo muito raro de estromatólito que não habita em lago vive na Caverna de Urtiga nas Cavernas de Jenolan, NSW, Austrália. As cianobactérias vivem na superfície do calcário e são sustentadas pelas gotas de água rica em cálcio, que permitem que cresçam em direção às duas extremidades abertas da caverna que fornecem luz. Estromatólitos compostos de calcita foram encontrados tanto no Lago Azul, no vulcão adormecido, Monte Gambier, quanto em pelo menos oito lagos cenote, incluindo o Pequeno Lago Azul no Baixo Sudeste do Sul da Austrália.