O modo exato de formação da pederneira ainda não está claro, mas acredita-se que ocorra como resultado de mudanças químicas em formações rochosas sedimentares comprimidas, durante o processo de diagênese. Uma hipótese é que um material gelatinoso preencha cavidades no sedimento, como buracos perfurados por crustáceos ou moluscos, e que este se torne silicificado. Essa hipótese certamente explica as formas complexas de nódulos de sílex que são encontrados. A fonte de sílica dissolvida no meio poroso pode ser as espículas de esponjas siliciosas (demosponges). Certos tipos de pederneira, como a da costa sul da Inglaterra, contêm flora marinha fossilizada aprisionada. Pedaços de coral e vegetação foram encontrados preservados dentro da pederneira, semelhantes a insetos e partes de plantas dentro do âmbar. Fatias finas da pedra costumam revelar esse efeito.
Praia de seixos formada por nódulos de sílex erodidos dos penhascos de calcário próximos, Cabo Arkona, Rügen, nordeste da Alemanha.
Flint às vezes ocorre em grandes campos de sílex em leitos do Jurássico ou Cretáceo, por exemplo, na Europa. Formações gigantes de pederneira intrigantes conhecidas como paramoudra e círculos de pederneira são encontradas em toda a Europa, mas especialmente em Norfolk, na Inglaterra, nas praias de Beeston Bump e West Runton.
A "pederneira de Ohio" é a pedra preciosa oficial do estado de Ohio. É formado a partir de detritos calcários que foram depositados no fundo dos mares paleozóicos do interior há centenas de milhões de anos, que endureceram em calcário e mais tarde se fundiram com sílica. A pederneira de Flint Ridge é encontrada em muitos tons como vermelho, verde, rosa, azul, branco e cinza, com as variações de cor causadas por minúsculas impurezas de compostos de ferro.
O sílex pode ser colorido: marrom arenoso, cinza médio a escuro, preto, marrom avermelhado ou cinza esbranquiçado.
