Moderne stromatolieten worden meestal aangetroffen in hypersaline meren en mariene lagunes waar extreme omstandigheden als gevolg van hoge zoutgehaltes het grazen van dieren verhinderen. Een van die locaties waar uitstekende moderne exemplaren kunnen worden waargenomen, is Hamelin Pool Marine Nature Reserve, Shark Bay in West-Australië. Een andere locatie is het nationale reservaat Pampa del Tamarugal in Chili. Een derde is Lagoa Salgada ("zoute meer"), in de staat Rio Grande do Norte, Brazilië, waar moderne stromatolieten kunnen worden waargenomen als zowel biohermen (domal-type) als bedden. Stromatolieten in het binnenland zijn ook te vinden in zoute wateren in Cuatro Ciénegas, een uniek ecosysteem in de Mexicaanse woestijn, en in het Alchichica-meer, een maar-meer in het oostelijke bekken van Mexico. De enige open mariene omgeving waarvan bekend is dat moderne stromatolieten goed gedijen, zijn de Exuma Cays op de Bahama's. In 2010 werd een vijfde type chlorofyl, namelijk chlorofyl f, ontdekt door Dr. Min Chen uit stromatolieten in Shark Bay. Laguna Bacalar op het zuidelijke schiereiland Yucatán in Mexico in de staat Quintana Roo heeft een uitgebreide vorming van levende gigantische microbialieten (dat wil zeggen stromatolieten of trombolieten). Het microbiële bed is meer dan 10 km lang met een verticale stijging van enkele meters in sommige gebieden. Dit kunnen de grootste levende zoetwatermicrobialieten zijn, of welk organisme dan ook, op aarde. Het kratermeer Alchichica in Puebla, Mexico heeft twee verschillende morfologische generaties stromatolieten: zuilvormige koepelachtige structuren, rijk aan aragoniet, gevormd nabij de kustlijn, daterend uit 1100 jaar geleden en sponsachtige-bloemkoolachtige trombolytische structuren die het meer domineren van boven naar beneden. bodem, voornamelijk samengesteld uit hydromagnesiet, huntiet, calciet en dateert van 2800 jaar geleden. Iets verder naar het zuiden komt een 1,5 km lang stuk rifvormende stromatolieten (voornamelijk van het geslacht Scytonema) voor in Chetumal Bay in Belize, net ten zuiden van de monding van de Rio Hondo en de Mexicaanse grens. Zoetwater-stromatolieten worden gevonden in het Saldameer in het zuiden van Turkije. Het water is rijk aan magnesium en de stromatolietstructuren zijn gemaakt van hydromagnesiet. Twee voorbeelden van zoetwater-stromatolieten zijn ook te vinden in Canada, bij Pavilion Lake en Kelly Lake in British Columbia. Pavilion Lake heeft de grootste bekende zoetwaterstromatolieten en NASA voert daar momenteel xenobiologisch onderzoek uit. NASA, de Canadian Space Agency en tal van andere universiteiten van over de hele wereld werken samen aan een project om het microbiële leven in de meren te bestuderen. Het wordt het "Pavilion Lake Research Project" (PLRP) genoemd en heeft tot doel te bestuderen welke omstandigheden op de bodem van de meren het meest waarschijnlijk leven herbergen en een betere hypothese te ontwikkelen over hoe omgevingsfactoren het leven van microbiële organismen beïnvloeden. Het uiteindelijke doel van het project is om beter te begrijpen onder welke omstandigheden waarschijnlijk leven op andere planeten zou kunnen leven. Er is een online burgerwetenschappelijk project genaamd "MAPPER", waar iedereen kan helpen bij het doorzoeken van duizenden foto's van de bodems van het meer en microbialieten, algen en andere bodemkenmerken van het meer kan labelen. Microbialieten zijn ontdekt in een open putvijver bij een verlaten asbestmijn nabij Clinton Creek, Yukon, Canada. Deze microbialieten zijn extreem jong en begonnen zich vermoedelijk kort na de sluiting van de mijn in 1978 te vormen. De combinatie van een lage sedimentatiesnelheid, een hoge calcificatiesnelheid en een lage microbiële groeisnelheid lijkt te resulteren in de vorming van deze microbialieten. Microbialieten op een historische mijnsite tonen aan dat een antropogeen geconstrueerde omgeving microbiële carbonaatvorming kan bevorderen. Dit heeft gevolgen voor het creëren van kunstmatige omgevingen voor het bouwen van moderne microbialieten, waaronder stromatolieten. Een zeer zeldzaam type stromatoliet dat niet in het meer leeft, leeft in de Nettle Cave in Jenolan Caves, NSW, Australië. De cyanobacteriën leven op het oppervlak van de kalksteen en worden ondersteund door het calciumrijke druipwater, waardoor ze kunnen groeien naar de twee open uiteinden van de grot die voor licht zorgen. Stromatolieten samengesteld uit calciet zijn gevonden in zowel het Blue Lake in de slapende vulkaan Mount Gambier als in ten minste acht cenote-meren, waaronder het Little Blue Lake in het lagere zuidoosten van Zuid-Australië.