Le moderne stromatoliti si trovano principalmente nei laghi ipersalini e nelle lagune marine dove condizioni estreme dovute agli alti livelli salini impediscono il pascolo degli animali. Uno di questi luoghi in cui è possibile osservare eccellenti esemplari moderni è Hamelin Pool Marine Nature Reserve, Shark Bay nell'Australia occidentale. Un altro luogo è la Riserva Nazionale di Pampa del Tamarugal in Cile. Un terzo è Lagoa Salgada ("Lago Salato"), nello stato del Rio Grande do Norte, Brasile, dove le moderne stromatoliti possono essere osservate sia come bioherms (tipo domal) che come letti. Le stromatoliti interne si possono trovare anche nelle acque saline di Cuatro Ciénegas, un ecosistema unico nel deserto messicano, e nel lago Alchichica, un lago maar nel bacino orientale del Messico. L'unico ambiente marino aperto in cui si sa che le moderne stromatoliti prosperano è l'Exuma Cays alle Bahamas. Nel 2010, un quinto tipo di clorofilla, vale a dire la clorofilla f, è stato scoperto dal dottor Min Chen dalle stromatoliti a Shark Bay. La Laguna Bacalar nella penisola messicana meridionale dello Yucatán, nello stato di Quintana Roo, ha un'estesa formazione di microbialiti giganti viventi (cioè stromatoliti o tromboliti). Il letto di microbialite è lungo oltre 10 km (6,2 mi) con un dislivello verticale di diversi metri in alcune zone. Questi possono essere i microbialiti d'acqua dolce viventi di dimensioni maggiori, o qualsiasi altro organismo, sulla Terra. Il cratere del lago Alchichica a Puebla, in Messico, ha due distinte generazioni morfologiche di stromatoliti: strutture a cupola colonnare, ricche di aragonite, che si formano vicino alla linea di riva, risalenti a 1100 ybp e strutture trombolitiche a forma di cavolfiore spugnoso che dominano il lago dall'alto verso il basso. fondo, composto principalmente da Hydromagnesite, Huntite, Calcite e risalente a 2800 ybp. Un po 'più a sud, un tratto di 1,5 km di stromatoliti che formano la barriera corallina (principalmente del genere Scytonema) si trova nella baia di Chetumal in Belize, appena a sud della foce del Rio Hondo e del confine con il Messico. Le stromatoliti d'acqua dolce si trovano nel lago Salda nella Turchia meridionale. Le acque sono ricche di magnesio e le strutture della stromatolite sono di idromagnesite. Due casi di stromatoliti d'acqua dolce si trovano anche in Canada, a Pavilion Lake e Kelly Lake nella British Columbia. Pavilion Lake ha le più grandi stromatoliti d'acqua dolce conosciute e la NASA sta attualmente conducendo ricerche di xenobiologia lì. La NASA, l'Agenzia spaziale canadese e numerose altre università di tutto il mondo stanno collaborando a un progetto per studiare la vita microbialite nei laghi. Chiamato "Pavilion Lake Research Project" (PLRP), il suo scopo è studiare quali condizioni sul fondo dei laghi hanno maggiori probabilità di ospitare la vita e sviluppare una migliore ipotesi su come i fattori ambientali influenzano la vita della microbialite. L'obiettivo finale del progetto è capire meglio quali condizioni potrebbero ospitare la vita su altri pianeti. Esiste un progetto di citizen science online chiamato "MAPPER" in cui chiunque può aiutare a selezionare migliaia di foto dei fondali dei laghi e contrassegnare microbialiti, alghe e altre caratteristiche del fondo del lago. Microbialiti sono state scoperte in uno stagno a cielo aperto in una miniera di amianto abbandonata vicino a Clinton Creek, Yukon, Canada. Questi microbialiti sono estremamente giovani e presumibilmente hanno iniziato a formarsi subito dopo la chiusura della miniera nel 1978. La combinazione di un basso tasso di sedimentazione, un alto tasso di calcificazione e un basso tasso di crescita microbica sembra portare alla formazione di questi microbialiti. I microbialiti in uno storico sito minerario dimostrano che un ambiente costruito antropogenicamente può favorire la formazione di carbonati microbici. Ciò ha implicazioni per la creazione di ambienti artificiali per la costruzione di microbialiti moderne, comprese le stromatoliti. Un tipo molto raro di stromatolite non lacustre vive nella grotta dell'ortica a Jenolan Caves, NSW, Australia. I cianobatteri vivono sulla superficie del calcare e sono sostenuti dall'acqua gocciolante ricca di calcio, che consente loro di crescere verso le due estremità aperte della grotta che forniscono luce. Stromatoliti composte da calcite sono state trovate sia nel Lago Blu nel vulcano dormiente, nel Monte Gambier, sia in almeno otto laghi cenote tra cui il Lago Piccolo Azzurro nel Basso Sud-Est dell'Australia Meridionale.
