Sebbene il selenio sia un oligoelemento essenziale, è tossico se assunto in eccesso. Il superamento del livello massimo tollerabile di assunzione di 400 microgrammi al giorno può portare a selenosi. Questo livello di assunzione superiore tollerabile di 400 µg si basa principalmente su uno studio del 1986 su cinque pazienti cinesi che hanno mostrato segni evidenti di selenosi e su uno studio di follow-up sulle stesse cinque persone nel 1992. Lo studio del 1992 ha effettivamente rilevato circa 800 microgrammi al giorno (15 microgrammi per chilogrammo di peso corporeo), ma suggeriti 400 microgrammi al giorno per evitare di creare uno squilibrio di nutrienti nella dieta e per concordare con i dati di altri paesi. In Cina, le persone che hanno ingerito mais coltivato in carbone pietroso estremamente ricco di selenio (scisto carbonioso) hanno sofferto di tossicità da selenio. Questo carbone ha dimostrato di avere un contenuto di selenio fino al 9,1%, la più alta concentrazione nel carbone mai registrata. Segni e sintomi di selenosi includono un odore di aglio nell'alito, disturbi gastrointestinali, perdita di capelli, desquamazione delle unghie, affaticamento, irritabilità e danni neurologici. Casi estremi di selenosi possono mostrare cirrosi epatica, edema polmonare o morte. Il selenio elementare e la maggior parte dei seleniuri metallici hanno tossicità relativamente basse a causa della bassa biodisponibilità. Al contrario, selenati e seleniti hanno una modalità di azione ossidante simile a quella del triossido di arsenico e sono molto tossici. La dose tossica cronica di selenite per l'uomo è di circa 2400-3000 microgrammi di selenio al giorno. Il seleniuro di idrogeno è un gas estremamente tossico e corrosivo. Il selenio si trova anche in composti organici, come dimetil seleniuro, selenometionina, selenocisteina e metilselenocisteina, che hanno tutti un'elevata biodisponibilità e sono tossici a dosi elevate. Il 19 aprile 2009, 21 pony da polo sono morti poco prima di una partita agli United States Polo Open. Tre giorni dopo, una farmacia ha rilasciato una dichiarazione in cui spiegava che i cavalli avevano ricevuto una dose errata di uno degli ingredienti utilizzati in un composto di integratori vitaminici / minerali che era stato preparato in modo errato da una farmacia di compounding. L'analisi dei livelli ematici di composti inorganici nel supplemento ha indicato che le concentrazioni di selenio erano da 10 a 15 volte superiori al normale nei campioni di sangue e da 15 a 20 volte superiori al normale nei campioni di fegato. Successivamente è stato confermato che il selenio è il fattore tossico. L'avvelenamento da selenio dei sistemi idrici può verificarsi ogni volta che nuovi corsi di deflusso agricolo attraverso terreni normalmente aridi e non sviluppati. Questo processo liscivia i composti solubili naturali del selenio (come i selenati) nell'acqua, che possono quindi essere concentrati in nuove "zone umide" mentre l'acqua evapora. L'inquinamento da selenio dei corsi d'acqua si verifica anche quando il selenio viene lisciviato dalla cenere di carbone, dall'estrazione mineraria e dalla fusione dei metalli, dalla lavorazione del petrolio greggio e dalle discariche. È stato scoperto che i livelli elevati di selenio risultanti nei corsi d'acqua causano disturbi congeniti nelle specie ovipare, compresi gli uccelli e i pesci delle zone umide. Livelli elevati di metilmercurio nella dieta possono amplificare il danno della tossicità del selenio nelle specie ovipare. Nei pesci e in altri animali selvatici, il selenio è necessario per la vita, ma tossico a dosi elevate. Per il salmone, la concentrazione ottimale di selenio è di circa 1 microgrammo di selenio per grammo di peso corporeo intero. Molto al di sotto di quel livello, il salmone giovane muore per carenza; molto sopra, muoiono per eccesso tossico. La Occupational Safety and Health Administration (OSHA) ha fissato il limite legale (limite di esposizione consentito) per il selenio sul posto di lavoro a 0,2 mg / m per una giornata lavorativa di 8 ore. L'Istituto nazionale per la sicurezza e la salute sul lavoro (NIOSH) ha stabilito un limite di esposizione consigliato (REL) di 0,2 mg / m su una giornata lavorativa di 8 ore. A livelli di 1 mg / m, il selenio è immediatamente pericoloso per la vita e la salute.