Più di un miliardo di anni fa, il continente nordamericano iniziò a dividersi lungo i confini delle placche tettoniche. Il magma emerse in flussi di lava ricchi di ferro lungo il Midcontinent Rift System, inclusa la regione che ora è conosciuta come Minnesota Iron Range. Questi flussi sono ora esposti lungo le coste nord e sud del Lago Superiore. Le forze tettoniche che tentarono di dividere il continente, e che lasciarono dietro di sé i flussi di lava, crearono anche la fossa di Superior, una regione depressa che diventò il bacino del Lago Superiore.
I flussi di lava hanno formato le condizioni per la creazione delle agate del Lago Superiore. Quando la lava si solidificò, il vapore acqueo e l'anidride carbonica intrappolati nei flussi solidificati formarono una texture vescicolare (letteralmente milioni di piccole bolle). Successivamente, le acque sotterranee trasportarono ferro ferrico, silice e altri minerali disciolti attraverso le vescicole gassose intrappolate. Queste soluzioni sotterranee ricche di quarzo depositarono bande concentriche di quarzo fine chiamate calcedonio, o agate incorporate.
Nel corso del successivo miliardo di anni, l'erosione ha esposto un numero di vescicole riempite di quarzo e a bande - agate - liberate dall'acqua corrente e dalla disgregazione chimica delle lave, poiché queste vescicole erano ora più dure delle rocce di lava che le contenevano. Tuttavia, la stragrande maggioranza rimase incastrata nei flussi di lava fino al prossimo grande evento geologico che li cambiò e cambiò il Minnesota.
Durante le successive ere glaciali, un lobo di ghiaccio glaciale, il lobo Superior, si mosse in Minnesota attraverso la fossa di Superior piena di agate. Il ghiacciaio raccolse agate di superficie e le trasportò verso sud. La sua azione di schiacciamento e il ciclo di congelamento e scongelamento alla sua base liberarono molte agate dalle lave, trasportandole anch'esse. Il ghiacciaio avanzante agì come un enorme tamburo levigatore, abrasivo, fratturante e levigante le agate.
