Les stromatolithes modernes se trouvent principalement dans les lacs hypersalins et les lagunes marines où des conditions extrêmes dues à des niveaux élevés de saline empêchent le pâturage des animaux. La réserve naturelle marine de Hamelin Pool, Shark Bay, en Australie occidentale, est l'un de ces endroits où d'excellents spécimens modernes peuvent être observés. Un autre endroit est la réserve nationale de Pampa del Tamarugal au Chili. Un troisième est Lagoa Salgada ("lac salé"), dans l'état de Rio Grande do Norte, au Brésil, où les stromatolithes modernes peuvent être observées à la fois sous forme de biohermes (type domal) et de lits. Les stromatolithes intérieures peuvent également être trouvées dans les eaux salines de Cuatro Ciénegas, un écosystème unique dans le désert mexicain, et dans le lac Alchichica, un lac maar dans le bassin oriental du Mexique. Le seul environnement marin ouvert où les stromatolites modernes sont connues pour prospérer est les Exuma Cays aux Bahamas. En 2010, un cinquième type de chlorophylle, à savoir la chlorophylle f, a été découvert par le Dr Min Chen à partir de stromatolithes de Shark Bay. Laguna Bacalar, dans le sud de la péninsule du Yucatán, au Mexique, dans l'État de Quintana Roo, a une formation étendue de microbialites géantes vivantes (c'est-à-dire des stromatolites ou des thrombolites). Le lit de microbialites mesure plus de 10 km (6,2 mi) de long avec une élévation verticale de plusieurs mètres dans certaines zones. Il peut s'agir des microbialites d'eau douce vivantes de la plus grande taille, ou de tout organisme, sur Terre. Crater Lake Alchichica à Puebla au Mexique a deux générations morphologiques distinctes de stromatolites: des structures en forme de dôme en forme de colonne, riches en aragonite, se formant près de la ligne de rivage, datant de 1100 ans et plus et spongieux-chou-fleur comme des structures thrombolytiques qui dominent le lac de haut en bas fond, principalement composé d'hydromagnésite, de huntite, de calcite et daté de 2800 ypb. Un peu plus au sud, une étendue de 1,5 km de stromatolithes formant des récifs (principalement du genre Scytonema) se trouve dans la baie de Chetumal au Belize, juste au sud de l'embouchure du Rio Hondo et de la frontière mexicaine. On trouve des stromatolithes d'eau douce dans le lac Salda, dans le sud de la Turquie. Les eaux sont riches en magnésium et les structures de stromatolite sont en hydromagnésite. On trouve également deux instances de stromatolithes d'eau douce au Canada, à Pavilion Lake et Kelly Lake en Colombie-Britannique. Pavilion Lake possède les plus grandes stromatolithes d'eau douce connues et la NASA y mène actuellement des recherches sur la xénobiologie. La NASA, l'Agence spatiale canadienne et de nombreuses autres universités du monde entier collaborent à un projet d'étude de la vie des microbialites dans les lacs. Appelé «Pavilion Lake Research Project» (PLRP), son objectif est d'étudier quelles conditions sur le fond des lacs sont les plus susceptibles d'abriter la vie et de développer une meilleure hypothèse sur la façon dont les facteurs environnementaux affectent la vie des microbialites. L'objectif final du projet est de mieux comprendre les conditions susceptibles d'abriter la vie sur d'autres planètes. Il existe un projet de science citoyenne en ligne appelé «MAPPER» où n'importe qui peut aider à trier des milliers de photos du fond du lac et à identifier les microbialites, les algues et autres caractéristiques du lit du lac. Des microbialites ont été découvertes dans un étang à ciel ouvert d'une mine d'amiante abandonnée près de Clinton Creek, Yukon, Canada. Ces microbialites sont extrêmement jeunes et ont vraisemblablement commencé à se former peu de temps après la fermeture de la mine en 1978. La combinaison d'une faible vitesse de sédimentation, d'un taux de calcification élevé et d'une faible vitesse de croissance microbienne semble entraîner la formation de ces microbialites. Les microbialites sur un site minier historique démontrent qu'un environnement construit de manière anthropique peut favoriser la formation microbienne de carbonate. Cela a des implications pour la création d'environnements artificiels pour la construction de microbialites modernes, y compris les stromatolites. Un type très rare de stromatolite non lacustre vit dans la grotte Nettle à Jenolan Caves, NSW, Australie. Les cyanobactéries vivent à la surface du calcaire et sont soutenues par l'eau ruisselante riche en calcium, ce qui leur permet de se développer vers les deux extrémités ouvertes de la grotte qui fournissent de la lumière. Des stromatolithes composées de calcite ont été trouvées à la fois dans le Blue Lake du volcan endormi, le mont Gambier et dans au moins huit lacs de cénote, y compris le Little Blue Lake dans le sud-est inférieur de l'Australie du Sud.
