Ce minéral est associé à d'autres nitrates dans certaines régions désertiques extrêmement arides, notamment le désert d'Atacama. Une fraction des sources d'azote dans la structure minérale néoformée serait l'apport de gaz diazote par les vents violents et desséchants qui y soufflent souvent. Mais ce minéral nitronatrite imprègne les sols chargés en matières organiques, et il est facile de postuler qu'une des sources principales de ces dépôts azotés sont des masses d'excréments d'animaux transformées par des anciens milieux bactériens, en particulier le guano des oiseaux peuplant autrefois cette côte aux eaux parfois poissonneuses. Il est facilement transporté en surface par les rares eaux de pluies violentes dans les zones basses. Il est dans ce cas fortement associé au nitre. Dans le cas où le nitre est quasiment absent ou peu présent, la nitronatrite peut provenir de la précipitation de matière soluble issue du lessivage de formations volcaniques, après évaporation de l'eau de transport. Dans ce cas, il s'agit d'un des composants majoritaires des nitrates du Chili, dénommé salpêtre du Chili ou caliche. Elle y est présente massivement à l'état de roche en croûtes alternées avec des couches d'argiles plus ou moins épaisses. Le minéral est ici parfois associé à des borates comme l'iquiquéite par exemple dans le salar de Miraje, province d'Antofagasta. Les fumerolles, salses et gryphons... de Salton sea en Californie du sud contiennent beaucoup de minéraux azotés, tels que la boussingaultite (NH4)2Mg(SO4)2 • 6 H2O, la koktaïte (NH4)2Ca(SO4)2 • H2O, la lecontite (NH4,K)NaSO4 • 2 H2O, la mascagnite (NH4)2SO4, le salmiac NH4Cl et la tschermigite NH4Al(SO4)2 • 12 H2O, mais aussi déjà de la nitratine. Il est concevable que les bactéries nitrifiantes en présence d'eau ou de trace d'eau puissent avec le temps transformer une fraction de l'azote ammoniacal de cette matière minérale en nitrates, la concentrant ipso facto en nitratine, nitre, nitromagnésite, nitrammite, nitrocalcite. Le transport peut ensuite être discriminant et sélectif. Toutefois, dans la plupart des cas, les concentrations rocheuses n'excèdent pas quelques pourcents en nitrate ou en nitratine, par exemple dans les caliches des Confidence Hills. Enfin, dans certains caliches, milieux oxydants s'ils sont assez concentrés en nitronatrite, de larges traces à de faibles fractions d'anions perchlorates et surtout iodates apparaissent au cours des temps géologiques, par simple oxydation des ions chlorures et iodures. Association : nitre, darapskite (de), gwihabaïte, humberstonite, lautarite, brüggenite (de), épsomite, kiesérite, gypse, bassanite, anhydrite, halite, glaubérite, thénardite, mirabilite, nitrocalcite, polyhalite, blödite, dietzéite (it), tarapacaïte (en), lopézite, nitrobarite, ulexite, probertite (it), ginorite, hydroboracite, kaliborite, iquiquéite et autres minéraux d'évaporites... La nitroglaubérite ou nitroglauberite est un mélange variable de nitronatrite et de darapskite Na3(SO4)(NO3) • H2O.
