Los estromatolitos modernos se encuentran principalmente en lagos hipersalinos y lagunas marinas donde las condiciones extremas debido a los altos niveles salinos impiden el pastoreo de animales. Uno de esos lugares donde se pueden observar excelentes especímenes modernos es la Reserva Natural Marina Hamelin Pool, Shark Bay en Australia Occidental. Otro lugar es la Reserva Nacional Pampa del Tamarugal en Chile. Un tercero es Lagoa Salgada ("Lago Salado"), en el estado de Rio Grande do Norte, Brasil, donde los estromatolitos modernos se pueden observar tanto como biohermas (tipo domal) como en lechos. Los estromatolitos del interior también se pueden encontrar en aguas salinas en Cuatro Ciénegas, un ecosistema único en el desierto mexicano, y en el lago Alchichica, un lago maar en la Cuenca Oriental de México. El único entorno marino abierto donde se sabe que prosperan los estromatolitos modernos son los Cayos Exuma en las Bahamas. En 2010, el Dr. Min Chen descubrió un quinto tipo de clorofila, a saber, clorofila f, a partir de estromatolitos en Shark Bay. Laguna Bacalar en el sur de la península de Yucatán en México en el estado de Quintana Roo, tiene una extensa formación de microbialitas gigantes vivientes (es decir, estromatolitos o trombolitos). El lecho de microbialitas tiene más de 10 km (6,2 millas) de largo con una elevación vertical de varios metros en algunas áreas. Estos pueden ser los microbialitos de agua dulce vivos de mayor tamaño, o cualquier organismo, en la Tierra. Crater Lake Alchichica en Puebla México tiene dos generaciones morfológicas distintas de estromatolitos: estructuras en forma de cúpula columnar, ricas en aragonito, que se forman cerca de la línea de la costa, que se remonta a 1100 ybp y estructuras trombolíticas en forma de coliflor esponjosa que dominan el lago de arriba a abajo. inferior, compuesto principalmente de hidromagnesita, huntita, calcita y data de 2800 ybp. Un poco más al sur, un tramo de 1,5 km de estromatolitos formadores de arrecifes (principalmente del género Scytonema) se encuentra en la Bahía de Chetumal en Belice, justo al sur de la desembocadura del Río Hondo y la frontera con México. Los estromatolitos de agua dulce se encuentran en el lago Salda en el sur de Turquía. Las aguas son ricas en magnesio y las estructuras de estromatolito están hechas de hidromagnesita. También se encuentran dos instancias de estromatolitos de agua dulce en Canadá, en Pavilion Lake y Kelly Lake en Columbia Británica. Pavilion Lake tiene los estromatolitos de agua dulce más grandes que se conocen y la NASA está realizando actualmente investigaciones xenobiológicas allí. La NASA, la Agencia Espacial Canadiense y muchas otras universidades de todo el mundo están colaborando en un proyecto para estudiar la vida de los microbialitos en los lagos. Llamado "Proyecto de investigación del lago Pavilion" (PLRP), su objetivo es estudiar qué condiciones en el fondo de los lagos tienen más probabilidades de albergar vida y desarrollar una mejor hipótesis sobre cómo los factores ambientales afectan la vida de los microbialitos. El objetivo final del proyecto es comprender mejor qué condiciones probablemente albergarían vida en otros planetas. Hay un proyecto de ciencia ciudadana en línea llamado "MAPPER" en el que cualquiera puede ayudar a clasificar miles de fotos del fondo del lago y etiquetar microbialitas, algas y otras características del lecho del lago. Se han descubierto microbialitas en un estanque a cielo abierto en una mina de asbesto abandonada cerca de Clinton Creek, Yukon, Canadá. Estas microbialitas son extremadamente jóvenes y presumiblemente comenzaron a formarse poco después del cierre de la mina en 1978. La combinación de una baja tasa de sedimentación, una alta tasa de calcificación y una baja tasa de crecimiento microbiano parece resultar en la formación de estas microbialitas. Los microbialitos en una mina histórica demuestran que un entorno construido antropogénicamente puede fomentar la formación de carbonatos microbianos. Esto tiene implicaciones para la creación de entornos artificiales para la construcción de microbialitos modernos, incluidos los estromatolitos. Un tipo muy raro de estromatolito que no habita en el lago vive en Nettle Cave en Jenolan Caves, NSW, Australia. Las cianobacterias viven en la superficie de la piedra caliza y son sostenidas por el goteo de agua rica en calcio, lo que les permite crecer hacia los dos extremos abiertos de la cueva que proporcionan luz. Se han encontrado estromatolitos compuestos de calcita tanto en el Lago Azul en el volcán inactivo, en el Monte Gambier como en al menos ocho lagos de cenotes, incluido el Pequeño Lago Azul en el Bajo Sureste de Australia Meridional.
